
Fray Juan de Portocarrero era natural de Salamanca, hijo de los señores de la casa de los Torres del Castillo, condes de Palma, que tenían su Palacio en Salamanca. Descendientes de la casa de Villena por don Luis de Portocarrero, hijo menor de don Juan Pacheco. Su verdadero nombre fue don Juan del Castillo y Portocarrero.
Ingresó en el convento de San Francisco de Salamanca de la Orden de Menores Observantes. En 1589 fue nombrado guardián de este mismo convento; en 1601 era guardián del Convento de San Francisco de Zamora, y ese mismo año lo vemos de visitador de la provincia de Andalucía y presidiendo el capítulo en Jerez de la Frontera.
Estudió en la Universidad de Alcalá, en el Colegio de San Pedro y San Pablo de la provincia de Santiago, el segundo de los siete menores, fundado por el cardenal Jiménez de Cisneros en aquella universidad.
Fue confesor de la Emperatriz María, hermana de Felipe II y mujer del Emperador Maximiliano II, y de doña Ana de Austria, cuarta esposa de Felipe II. Según el cronista de la corte de Valladolid, Luis Cabrera de Córdoba, Su Majestad Católica el Rey Felipe II lo había presentado para el obispado de Almería antes del 18 de mayo de 1602. Fue preconizado obispo de Almería el 29 de julio de ese mismo año, por bula del Papa Clemente VIII, atendiendo la presentación de Su Majestad Católica.
Tomó posesión el viernes 7 de marzo de 1603, por poderes que había concedido al presbítero licenciado don Antonio González.
Tras su fallecimiento fue enterrado en la Capilla del Sagrario de la Catedral, pero al realizar posteriormente obras de ampliación en la misma se perdió la ubicación del enterramiento del Obispo Portocarrero. Al realizar unas obras en el subsuelo de la Catedral apareció una cripta pobre, de piedras de sillería mal ajustadas sobre cimiento de mampostería. Hay una especie de arco mal excavado y adosado un pequeño muro de mampostería muy mal terminado, sobre el que reposaba el féretro. Este era de madera y estaba forrado de terciopelo morado y era simple y pobre. La tapa había aplastado todo.
Un estudio detenido confirma que se trata, indudablemente, de la tumba de uno de los obispos antiguos. A pesar del estado de destrucción, se distinguían perfectamente los ornamentos pontificales: la casulla, dos tunicelas y los guantes bordados en oro, todo de seda morada. Los guantes tenían en el bordado el anagrama JHS. Sobre los pies un trozo de cordón franciscano afianzó la convicción de que eran los restos mortales del gran hijo de San Francisco y obispo de Almería, don fray Juan de Portocarrero.
Hace algunos años que las cenizas de Portocarrero fueron colocadas en una urna de mármol, con su escudo heráldico, que costeó la Orden Tercera Seglar de San Francisco de Almería. Desde entonces hasta esta fecha, está depositada en la capilla del Santo Cristo de la Escucha de la Catedral, en la que reposan también los restos mortales, en precioso mausoleo renacentista, del también obispo franciscano y fundador de la Catedral, fray Diego Fernández de Villalán.
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